WES Testi (Tüm Ekzom Dizi Analizi)

WES Testi (Tüm Ekzom Dizi Analizi) Nedir?

Genetik bilimindeki gelişmeler, birçok hastalığın tanı ve değerlendirme süreçlerini önemli ölçüde değiştirmiştir. Tüm Ekzom Dizileme (Whole Exome Sequencing – WES) kalıtsal hastalıkların araştırılmasında kullanılan kapsamlı bir genetik analiz yöntemidir.

WES testi, genlerimizin protein kodlayan bölümleri olan “ekzomları” hedef alır. İnsan genomunun yaklaşık %2’sini oluşturan bu kodlama bölgeleri, hastalığa neden olan genetik değişikliklerin yaklaşık %85’ini barındırır. Bu nedenle WES, hastalıkla ilişkili mutasyonların saptanmasında yüksek tanısal değere sahiptir.

WES analizi sırasında yaklaşık 20.000–21.000 genin protein kodlayan bölgeleri ve bu bölgeleri çevreleyen sınır alanlar taranarak, hastalığa yol açabilecek genetik varyantlar raporlanır. Önceki yıllarda kullanılan pek çok genetik test yalnızca tek bir gen ya da sınırlı sayıda geni incelerken, WES testi binlerce geni eş zamanlı olarak değerlendirme imkânı sunar.

Bu özelliği sayesinde WES, özellikle klinik olarak tanısı netleştirilemeyen ve karmaşık genetik hastalık şüphesi bulunan olgularda önemli bir tanı aracı olarak kullanılmaktadır.

Tüm Ekzom Dizi Analizi (WES Testi) Kimlere Yapılmalıdır?

• Klinik bulgular ile ayırıcı tanıya gidilemeyen karmaşık vakalar,
• İlk basamak testleri kromozom analizi ya da array CGH ile analizde sonuç bulunamayan vakalar,
• Genetik ve fenotipik olarak heterojen grup bozukluklarının teşhisi (Aynı hastalığa çok sayıda gen neden oluyorsa veya aynı fenotipik bulgular bir çok hastalıkta gözleniyorsa),
• Hasta bir çocuğa sahip olan ve yeni bir gebelik planlayan aileler,
• Tekrarlayan multipl konjenital anomalili bebek öyküsü ve bunlara ait sağlıklı klinik bilgilerin olmadığı vakalar,
• Spesifik bir tek gen hastalığı ile uyumlu klinik yoksa ailelere ekzom dizileme testi önerilmektedir.

WES testinde hangi hastalıklara bakılır?

Tüm ekzom dizileme analizi ile insanda yaklaşık 22.000 tanımlanmış genenin taraması ve bu genlerde hastalığa sebep olabilecek mutasyonların tespiti mümkün olmaktadır. Öncelikle tıbbi genetik uzmanlarının genetik danışmanlık esnasında ailelerden alınan soy ağacı bilgisi ile ailenin tek gen ile ya da çoklu gen ile tanımlanamayan hastalıklara WES testi ile tanı koyulabilmektedir.

Özellikle WES testi

1. Klinik bulguları ile tanı koyulamamış vakalarda
2. Aynı hastalığa çok sayıda gen sebep oluyor ise
3. Kromozom ya da Array yapılmış fakat sonuç elde edilememiş ise
4. Hastalık tanısı çıkmış çocuğu olan ve tekrar gebelik planlayan aileler bireylerine bakılmasında
5. Aile öyküsünde hastalık olan fakat klinik bulgusu olmayan aile bireylerine WES testi yapılması önerilir.
6. Çoklu konjenitel anomaliler var ise WES testi önerilmelidir.

WES Testi ile hastaların yüzde kaçına tanı koyabiliriz?

​​2018 yılında yapılan çalışmalarda*, tüm ekzom dizileme analizinin tanı koymada başarısının trio analizinde (anne-baba-çocuk) %34 ve tekli analizde ise % 26 olduğu bildirilmiştir. Bu oran, çalışılan hastalık tipine, trio analizi kullanılıp kullanılmadığına ve seçilen hastalığın kalıtım modeline göre farklılık göstermektedir.

*Nick Dragojlovic et al. GENETICS in MEDICINE,2018

WES Testi Sınırlılıkları Nelerdir?

Ekzom dizileme için örnek seçiminde dikkat edilmesi gereken konulardan bir tanesi, hastalığın kalıtım modelinin yanısıra beklenen mutasyon çeşididir. Büyük translokasyonlar, kopya sayısı değişimleri, mitokondrial genom mutasyonları, epigenetik faktörler, mozaik mutasyonlar, uniparental dizomi, GC-zengin bölge tekrarları, nükleotid tekrar hastalıkları ve çok benzer psödogeni olan genlerde beklenen mutasyonlar, exom dizileme ile tespit edilememektedir. Kopya sayısı değişimleri için özel biyoinformatik arayüzler veya algoritmalar kullanılarak sonuç verilebilmektedir.

Üçlü (Trio) veya Tekli Tüm Ekzom Dizileme Analizi, Hangi Testi Yaptırmalıyım?

Trio analizinde, tekli tüm ekzom dizi analize göre tanı oranı çok daha yüksektir (yaklaşık %34’e karşı %26 ). Bu durum, trio analizde kalıtım desenine göre (otozomal resesif, otozomal dominant, X’e bağlı kalıtım) analiz yapabilme imkanı olmasından kaynaklanmaktadır. Ayrıca de novo mutasyonların tanımlanabilmesi için anne-baba-çocuk örneklerini içeren trio analizi gerekmektedir. Ancak ekonomik nedenlerle trio analizi yaptıramayan veya klinik tanının çok güçlü olduğu durumlarda hastalara tekli tüm ekzom dizileme analizi önerilmektedir.

Wes Testi Fiyatı

WES testi (tüm ekzom dizileme analizi) kapsamlı bir genetik inceleme yöntemi olduğu için maliyeti; testin kapsamına, analiz derinliğine, değerlendirilecek kişi sayısına ve merkezin teknik altyapısına göre değişkenlik gösterebilir.

Testin yalnızca tek bir bireye uygulanması ile anne-baba veya anne-baba-çocuk birlikte değerlendirildiği durumlar arasında yöntemsel farklılıklar bulunabilir. Aile bireylerinin birlikte analiz edildiği bu tür çalışmalarda, genetik verilerin birlikte yorumlanması tanısal açıdan avantaj sağlayabilir ve sürecin planlanması buna göre yapılır.

Hastaya WES Yaptırmak İstiyorum, Ne Yapmalıyım?

WES testi planlanan hasta, tıbbi genetik alanında hizmet veren bir genetik tanı merkezine yönlendirilir. Burada tıbbi genetik uzmanları tarafından ayrıntılı klinik öykü alınır; hastanın fizik muayene ve dismorfik muayene bulguları kaydedilir.

Aileye ait en az üç kuşağı içeren soy ağacı oluşturulur. Test öncesinde hasta veya yasal temsilcisinden bilgilendirilmiş onam alınır ve genetik analiz için kan örneği temin edilir.

Hastanın merkeze gelmesinin mümkün olmadığı durumlarda ise WES testi süreci uzaktan planlanabilir. Bu kapsamda, tüm ekzom dizileme işlemine yönelik ayrıntılı hasta onamı alınır.

Hastaya ait klinik öykü, fizik muayene bulguları ve en az üç kuşağı kapsayan soy ağacı hazırlanır. Ailede benzer klinik bulgulara sahip bireylerin varlığı ve anne-baba arasında akrabalık durumu özellikle belirtilmelidir. Ardından, hastadan EDTA’lı tüplere alınmış kan örnekleri, onam formu ve klinik bilgilerle birlikte ilgili genetik merkeze ulaştırılır.

Tüm Ekzom Dizilemede İşlem Akışı Nasıldır?

• Hastaya ait periferik venöz kan örneği alınır.
• Kan örneğinden DNA izolasyonu yapılır
• Alınan örneklerden Yeni Nesil DNA Dizileme Cihazı ile dizileme işlemleri yapılır.
• Hastaya ait veriler biyoenfarmatik analize tabi tutulur ve sorumlu mutasyonlar tespit edilir.
• Genetik uzmanları tarafından hastaya ait klinik rapor hazırlanır ve aileye danışmanlık verilir.

WES Testi Neden Yapılır?

WES Testi, genetik hastalıkların teşhisinde önemli bir araçtır çünkü genetik hastalıklara neden olan çok sayıda geni aynı anda analiz edebilir. Bu, genetik hastalıkların teşhisini hızlandırabilir ve daha önce teşhis edilemeyen hastalar için yanıtlar sağlayabilir.

WES Testi Ankara

WES testi, genetik hastalıkların tanı sürecinde kullanılan kapsamlı analiz yöntemlerinden biridir. Bu test sayesinde genetik testlerin zamanında ve doğru şekilde yapılması, hastalar ve aileler için tanısal belirsizliğin azalmasına katkı sağlayabilir. Genetik test sürecinde, tıbbi genetik uzmanları ve genetik danışmanlar test sonuçlarının yorumlanması ve sonuçların klinik anlamının açıklanması konusunda ailelere rehberlik eder.

Genetik çeşitlilik, toplumların gen havuzunu oluşturur ve bu çeşitlilik genetik hastalıkların tanı ve değerlendirme süreçlerinde önemli bir rol oynar. Gen havuzundaki farklılıklar, genetik testlerin yorumlanmasında dikkate alınır. WES yöntemi, genetik çeşitliliği analiz ederek kalıtsal hastalıkların tanısında ve izleminde kullanılan etkili yöntemlerden biri olarak kabul edilmektedir.

Genetik testlerin hızlı ve güvenilir şekilde sonuçlandırılması, tanı sürecinin daha sağlıklı ilerlemesine katkı sağlar. Ancak her zaman en doğru bilgi ve yönlendirme için bir sağlık profesyoneline başvurulması önerilir.

Tüm Ekzom Sekanslama (Whole Exome Sequencing – WES),genetik materyalimizin büyük bir bölümünü oluşturan 20.000’den fazla genin ve bu genlere ait çok sayıdaki eksonun tek bir test ile incelenmesine olanak tanır. Bu özelliği sayesinde, genetik hastalıklara neden olabilecek çok sayıda gen eş zamanlı olarak analiz edilebilir.

WES testi için genellikle kan örneği kullanılır. Bununla birlikte bazı özel durumlarda, özellikle prenatal tanı sürecinde, amniyotik sıvı veya koryon villus örneği gibi farklı örnek türleri de değerlendirilebilir.

WES Testi Devlet Karşılıyor Mu?

WES testi (tüm ekzom dizileme analizi) bazı devlet hastanelerinde ve üniversite hastanelerinde yapılabilmektedir. Ancak bu testin her merkezde rutin olarak sunulmadığı ve genellikle belirli tıbbi endikasyonlar doğrultusunda planlandığı bilinmelidir.

Testin devlet tarafından karşılanıp karşılanmaması; hastanın klinik durumu, hekim tarafından yapılan değerlendirme, ilgili sağlık kurulunun onayı ve merkezin teknik altyapısına bağlı olarak değişiklik gösterebilir. Bu nedenle WES testinin devlet kapsamında yapılıp yapılmayacağı her hasta için ayrı ayrı değerlendirilmelidir.

WES Testi Sonucu

WES testi sonuçları laboratuvarın iş yükü, testin karmaşıklığı ve teknik süreçlere bağlı olarak değişiklik gösterebilir. Genel olarak değerlendirildiğinde, WES sonuçlarının çıkması ortalama 1,5 ila 3 ay arasında sürmektedir.

WES testinde otizm çıkar mı?

Evet otizm benzeri klinik bulguları eşlik ettiği vakalarda WES testi yapılarak otizm aday genlerinin hastada varlığının tanısını koymaya yardımcı olur. Tabi ki birçok nörolojik tanı koyulamayan nadir hastalıklarda WES testi tanı koyulmasında yardımcı olmaktadır. WES testi tanı ve binlerce genin kodlayıcı bölgeleri aynı anda test edilebilmektedir. Böylelikle birçok nörolojik hastalığın tedavisinde WES testi ışık tutmaktadır.

WES testi nerede yapılır?

WES testi, Özel Ankara Genetik Değerlendirme ve Tanı Merkezlerinde tıbbi genetik uzmanları tarafından yapılabilmektedir.

Tıbbi genetik uzmanının aileye verdiği danışmanlık; soy ağacının çıkarılması, öncelikli gen testlerinin belirlenmesi ve hangi gen panellerine odaklanılması gerektiğinin saptanması açısından büyük önem taşır. Ayrıca bu danışmanlık, ailede hangi bireylere genetik test yapılması gerektiği konusunda da yol göstericidir.

WES testi uygulanan bireyde saptanan gen mutasyonu sonrasında, ilgili gen bölgesinin daha ayrıntılı incelenmesi ve aile bireylerinde aynı mutasyonun bulunup bulunmadığının araştırılması amacıyla ek testler planlanabilir. Bu süreçte aile fertlerinden kan örneği alınması tanı ve danışmanlık açısından büyük önem taşımaktadır.