Tüm Ekzom Dizileme

Tüm Ekzom Dizi Analizi Nedir?

Tüm ekzon dizilemesi (WES),insan genomunun ~ 21.000 geninde protein kodlama bölgelerinin (ekzon) ve onları çevreleyen intronik bölgelerin taranması ve bu bölgelerdeki hastalığa sebep olabilecek değişikliklerin raporlanması işlemidir.

Kodlama bölgesi, insan genomunun % 2’sini temsil eder, ancak hastalığa neden olan mutasyonların yaklaşık % 85’ini içerir. Son dönemlere kadar uygulanan genetik testlerin çoğu sadece tek bir geni ya da hastalıkla ilişkili olduğu düşünülen birkaç geni tararken, WES testleri binlerce geni eş zamanlı olarak taramaktadır.

Bu özellik, WES’ i karmaşık genetik problemlerin ortaya konmasında en etkili yöntemlerden biri haline getirmektedir. Tüm ekzom dizi analizi ile insan genomundaki ekzonların tümü dizi analizine tabi tutulmakta ve özellikle klinik tanı konulamamış hastalar için hastalığın kesin tanısının konulmasında çok büyük önem taşımaktadır.

Tüm Ekzom Dizi Analizi Kimlere Yapılmalıdır?

• Klinik bulgular ile ayırıcı tanıya gidilemeyen karmaşık vakalar,
• İlk basamak testleri kromozom analizi ya da array CGH ile analizde sonuç bulunamayan vakalar,
• Genetik ve fenotipik olarak heterojen grup bozukluklarının teşhisi (Aynı hastalığa çok sayıda gen neden oluyorsa veya aynı fenotipik bulgular bir çok hastalıkta gözleniyorsa),
• Hasta bir çocuğa sahip olan ve yeni bir gebelik planlayan aileler,
• Tekrarlayan multipl konjenital anomalili bebek öyküsü ve bunlara ait sağlıklı klinik bilgilerin olmadığı vakalar,
• Spesifik bir tek gen hastalığı ile uyumlu klinik yoksa ailelere ekzom dizileme testi önerilmektedir.

Tüm ekzom dizileme (WES) ile bize başvuran hastaların yüzde kaçına tanı koyabiliriz?

​​2018 yılında yapılan çalışmalarda*, tüm ekzom dizileme analizinin tanı koymada başarısının trio analizinde (anne-baba-çocuk) %34 ve tekli analizde ise % 26 olduğu bildirilmiştir. Bu oran, çalışılan hastalık tipine, trio analizi kullanılıp kullanılmadığına ve seçilen hastalığın kalıtım modeline göre farklılık göstermektedir.

*Nick Dragojlovic et al. GENETICS in MEDICINE,2018

Tüm Ekzom Dizileme Sınırlılıkları Nelerdir?

Ekzom dizileme için örnek seçiminde dikkat edilmesi gereken konulardan bir tanesi, hastalığın kalıtım modelinin yanısıra beklenen mutasyon çeşididir. Büyük translokasyonlar, kopya sayısı değişimleri, mitokondrial genom mutasyonları, epigenetik faktörler, mozaik mutasyonlar, uniparental dizomi, GC-zengin bölge tekrarları, nükleotid tekrar hastalıkları ve çok benzer psödogeni olan genlerde beklenen mutasyonlar, exom dizileme ile tespit edilememektedir. Kopya sayısı değişimleri için özel biyoinformatik arayüzler veya algoritmalar kullanılarak sonuç verilebilmektedir.

Tüm Ekzom Dizileme Analizini Neden Özel Ankara Genetik Hastalıklar Tanı Merkezinde Yaptırmalıyım?

• Klinisyenler Tarafından Rahatlıkla Anlaşılabilir Rapor Formatı,
• Hızlı ve Güvenilir Sonuç,
• Uygun Maliyet,
• Güçlü Biyoinformatik,
• ACMG (American College of Medical Genetics and Genomics) tarafından raporlanması tavsiye edilen 26 hastalığa ait 59 gende insidental olarak bulmuş olduğumuz mutasyonlar raporlandırılmaktadır,
• Sağlık bakanlığı tarafından ruhsatlandırılmış ve düzenli denetimleri yapılan bir merkez.

Üçlü (Trio) veya Tekli Tüm Ekzom Dizileme Analizi, Hangi Testi Yaptırmalıyım?

Trio analizinde, tekli tüm ekzom dizi analize göre tanı oranı çok daha yüksektir (yaklaşık %34’e karşı %26 ). Bu durum, trio analizde kalıtım desenine göre (otozomal resesif, otozomal dominant, X’e bağlı kalıtım) analiz yapabilme imkanı olmasından kaynaklanmaktadır. Ayrıca de novo mutasyonların tanımlanabilmesi için anne-baba-çocuk örneklerini içeren trio analizi gerekmektedir. Ancak ekonomik nedenlerle trio analizi yaptıramayan veya klinik tanının çok güçlü olduğu durumlarda hastalara tekli tüm ekzom dizileme analizi önerilmektedir.

Hastama WES Yaptırmak İstiyorum, Ne Yapmalıyım?

Hasta Özel Ankara Genetik Hastalıklar Tanı Merkezi’ne yönlendirilir. Burada genetik uzmanları tarafından ayrıntılı klinik öykü alınır, hastanın fizik muayene ve dismorfik muayene bulguları kaydedilir. Aileye ait en az 3 kuşağı içeren soyağacı çizilir. Yapılacak test için hasta onamı ve test için kan örneği alınır.

Hasta merkezimize gelemeyecek durumda ise;

• Tüm ekzom dizileme işlemi ile ilgili ayrıntılı hasta onamı alınır.
• Hastaya ait klinik öykü, fizik muayene bulguları ve 3 kuşak soyağacı çizilir. Ailede benzer bulgulara sahip olan başka bir birey olup-olmadığı, anne-baba arasında akrabalık olup olmadığı mutlaka belirtilmelidir.
• Hastaya ait 2 adet EDTA’lı tüpe alınmış kan örneği, hasta onamı ve klinik bilgileri ile birlikte en kısa sürede merkezime ulaştırılır.

Tüm Ekzom Dizilemede İşlem Akışı Nasıldır?

• Hastaya ait periferik venöz kan örneği alınır.
• Kan örneğinden DNA izolasyonu yapılır
• Alınan örneklerden Yeni Nesil DNA Dizileme Cihazı ile dizileme işlemleri yapılır.
• Hastaya ait veriler biyoenfarmatik analize tabi tutulur ve sorumlu mutasyonlar tespit edilir.
• Genetik uzmanları tarafından hastaya ait klinik rapor hazırlanır ve aileye danışmanlık verilir.

Tüm Ekzom Dizileme Sonuç Verme Süresi

Sonuçlar hastadan çalışma örneği alındığı andan itibaren, 6-10 hafta (2-3 ay) içinde verilmektedir.

Ücret ve diğer bilgiler için iletişim kurunuz.